Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, утвердил проект застройки зеленой зоны на набережной Юбилейного микрорайона, где будет построен храм. Для этого потребовалось изменить генеральный план города, что вызвало недовольство среди жителей. Копия документа, подтверждающего размещение собора Пресвятой Богородицы, была опубликована активисткой Яной Антоновой. Ранее эта территория считалась рекреационной зоной, предназначенной для парков и скверов. Против застройки выступали местные жители, начиная с 2021 года, когда власти впервые озвучили планы по строительству храма.
В августе 2024 года участок на набережной был выделен для храма, а губернатор Кубани Вениамин Кондратьев подтвердил, что «храму быть». В сентябре были внесены изменения в генплан, определившие эту зону как «религиозное использование». Горожанам дали всего неделю на подачу замечаний к проекту, что вызвало волну протестов. Мэрия не согласовала митинг против стройки, а активисты столкнулись с репрессиями. В итоге новый генплан был принят большинством голосов депутатов городской думы.